包括個人所得稅嗎？

這個是不包含個人所得稅。

結轉企業所得稅退稅款歸入納稅總額嗎？（如截圖紅框部分）

這個是需要算到里面的。

納稅總額是不是要1505992.37-399642.70=1106349.67元呀？

對，沒錯，就是把這個要減去的。

納稅總額包括車輛購置稅，殘疾人就業保障金嗎？

這個是不包含在內的。

納稅總額看應交稅費，應交增值稅，應交企業所得稅和稅信息附加的金額，是實際上繳的稅額，還是稅款所屬期的金額呀？

這個看實際繳納的金額。