可以認為是自然人納稅系統的全年合計數嗎？

是的，你也可以這么理解的。

要不要扣除別人開票的數額

你說的這個是什么意思？

收到別人的勞務費發票45000錄了系統代繳個稅，那這個45000要不要扣除呢

這個肯定是需要扣除的。