居民個人以計算機軟件著作權投資的個人所得稅有三種繳納方式。一是在投資時一次性繳納，以投資確認價值減去該計算機軟件著作權的原值和合理稅費后的差額確認為所得，按財產轉讓所得適用稅率20%計算繳納個人所得稅；二是分期確認所得繳納，以投資確認價值減去該計算機軟件著作權的原值和合理稅費后的差額確認為所得，合理確定分期繳納計劃報主管稅務機關備案后，自發生投資行為之日起不超過5個公歷年度內分期繳納個人所得稅；三是遞延到股權轉讓時繳納，經向主管稅務機關備案，投資入股當期暫不納稅，遞延到轉讓股權時，按股權轉讓收入減去該計算機軟件著作權的原值和合理稅費的差額計算繳納個人所得稅。無論居民個人采取何種方式繳納個人所得稅，均不影響所投資的軟件企業對接受投資的計算機著作權計價和企業所得稅處理，即以該計算機軟件著作權投資入股的評估值作為其計稅基礎，按無形資產稅前扣除規定在企業所得稅稅前攤銷扣除。