但是總分公司的企業(yè)所得稅是合并申報的，如果上傳的報表不用合并的話，那所得稅申報的收入和會計報表的收入就會不一致啦？

我看你們這里回答的老師有些說要，有些說不要的

首先，會計口徑的那個合并報表，一般情況下是年度結(jié)束的時候才編制，那么季度要不要編制看你單位的財務(wù)制度規(guī)定。然后關(guān)于這個稅法口徑，因為非法口徑的話，就要看你這個所得稅季度預(yù)繳的時候，你有沒有統(tǒng)一的去申報，如果說統(tǒng)一申報，每個記錄你都要按照匯總的報表去申報。

總分公司的企業(yè)所得稅不是規(guī)定要合并去申報的嗎？難道季度預(yù)繳的時候可以不合并的嗎？

分公司如果獨立核算申報 季度時不需要 年末匯算才需要匯總報表申報 看你具體備案情況決定

總分公司之間發(fā)生業(yè)務(wù)往來，可以開具發(fā)票的嗎？

對的，因為總公司和分公司里面增值稅是獨立的，那你們銷售是可以開發(fā)票的。