穩妥起見，建議電子檔，直接要求對方將蓋了公章的合同原件上掃描，轉制成PDF格式進行保存，而不是進行電子簽章

在這樣掃描件上，再蓋上我們公司的公章還有法人簽字，，這樣的合同有效嗎？

有效。但是如果從法律風險上說，不建議掃描公章，以防發生糾紛的時候難以證明證明公章的可靠性，從而不能保障當事人的權益。 從證據角度來說，掃描件是圖片，作為復印件的形式存在，從技術上可以被篡改，因此單單掃描件的證明效力是很低的，除非對方對掃描件認可，否則需要提供其它相關證據進行佐證，形成證據鏈條，掃描件才能作為定案證據，從而具有較高證明效力。掃描件相當于復印件，僅憑此去打官司是很難得到法院支持。 法律依據： 《民事訴訟法》第七十條 書證應當提交原件。物證應當提交原物。提交原件或者原物確有困難的，可以提交復制品、照片、副本、節錄本。 提交外文書證，必須附有中文譯本。