當時簽訂合同的承租人是公司的法人，開具發票也開具給公司的法人個人了，要怎么處理

那你這種既然是租給你的法定代表人的，那你就不能作為公司的一個業務來進行處理。

可是首付款 設備的發票又開給公司了

那你這種情況建議是去重新變更一下租賃合同，讓這個合同和公司簽訂。

合同沒法變更啊

那既然你合同沒辦法變更，這個業務根本就不適合公司發生的，那你這個就沒辦法入賬，即便發票開給你，你這個也不具有真實的一個業務性質，你這個沒辦法。