自然人去稅局代開運輸發票時，支付方有可能需要代扣代繳個稅。具體情況要根據運輸發票的用途來判斷：一般來說，運輸發票是用作貨物運輸的產品表明文件，發票只是用作用于運輸時的票據，并不涉及收入支出。但是，如果發票使用于運輸中涉及收入支出，那么支付方就需要進行代扣代繳個稅。 拓展知識： 在稅收管理上，貨物運輸經營者必須按照規定要嚴格遵守稅收準則，否則就面臨嚴重的后果。一般來說，貨物運輸經營者在簽發發票時，必須及時、準確地記錄發票的內容，并盡到代扣代繳的義務。同時，貨物運輸經營者還必須定期向主管稅務機關申報、繳納稅款，以預防稅收違法犯罪行為。