水利建設基金的計稅基礎是含稅收入。根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第三十四條規定，特定財產和收入征稅時，不以稅收征納者視為征稅對象，以稅收所有者視為征稅對象，因此水利建設基金計稅基礎是含稅收入。 此外，根據中華人民共和國政府財政部《關于延長城鎮水利建設基金收入稅收優惠政策期限的通知》，城鎮水利建設基金收入被視為是進項稅額的結轉入賬，屬于含稅收入，因此在計稅基礎上也是采用含稅收入。 拓展知識：稅收綜合改革是指通過改革稅收體系、稅收政策和稅收制度，實現財政收入穩定增長，優化經濟結構和資源配置，提升經濟發展效率，激發投資活力的改革和研究。稅收綜合改革的主要改革方向主要是改善財稅關系，完善財稅分類，減少稅收收入，增強財政財政效率，按勞分配，簡化稅收政策，確保稅收繼承，改善稅收征管，改進稅收制度等。