員工A在其他公司申報個稅的時候，不應該會自動跳出5000元的專項扣除。一般來說，個人在一個納稅年度內可以從收入中扣除同類型的專項扣除，但是在不同的納稅年度之間報稅，需要在新的申報年度確認扣除額度，包括5000元專項扣除。 此外，不同公司之間的專項扣除可以累計。比如，員工A在今年已經在我們公司申報了5000元的專項扣除，到了下個申報年度，可以累計之前本公司與其他公司申報的扣除額度，增加稅收優惠。 個人申報個稅時，合理利用專項扣除，可以減少個人所得稅負擔。因此在不同公司之間，應當合理使用專項扣除，以減輕納稅負擔。