對于員工買的二套房的貸款，是可以申請專項扣除的，但是要滿足一定的條件，首先，申請人必須是個人住房貸款，其次，申請人必須為房屋產權人，且房屋的面積必須小于140平米，房屋必須專用于自身居住，后者則是指首套房已還清貸款，且按期支付貸款未違約。另外，申請人還需要滿足專項扣除標準，如有繳納個人住房貸款利息，即可申請專項扣除。 專項扣除標準可分為兩類：一類是適用于房屋購買期間利息支出，最高可扣除2萬元；第二類是房屋使用期間支出的利息支出，最高可扣除15000元，具體情況具體分析。拓展知識：可以通過貸款購買多套房產，但僅首套房產可以申請專項扣除，其他購買的房產不能申請該項扣除。