不會被扣信用分，但是企業必須按照會計核算軟件相關法律法規，在企業管理信息系統中備案會計核算軟件才是合法行為。依據中華人民共和國關于企業會計核算軟件備案管理辦法，企業必須在稅務機關登記備案，特別提示企業要建立完善的企業會計核算軟件備案管理系統，并定期核查更新企業會計核算軟件備案情況。企業有義務按照國家有關法律法規，完成會計核算軟件的備案工作，如果企業違反備案管理的規定，會被相關政府部門處以罰款或者其他處罰。 拓展知識：備案會計核算軟件可以幫助企業更好地完成會計核算軟件的備案工作，包括進行稅務報表填寫、財務報表備案、會計核算軟件安裝、狀態監測、會計核算軟件升級、數據備案等，更有效地達到備案管理的目的，提升企業的財務報表備案水平。