設置部門輔助核算是會計中非常重要的內容，用于分析和控制機構各部門的內部成本管理、報表編制以及財務經營活動的效果。設置部門輔助核算的一般科目可以分為兩類：一類是費用類科目，用于記錄各部門的支出成本，其中包括基本科目職工薪酬、差旅、業務招待、折舊、維修等；另一類是收入類科目，用于記錄各部門的收入成本，其中包括基本科目業務收入、外包收入、投資收入、罰款等。 設置部門輔助核算還要考慮其他一些特殊科目，比如：資產類科目，用于記錄各部門負責的資產，其中包括投資、拆借等；負債類科目，用于記錄各部門承擔的負債，其中包括借款、應交稅費等；內部調撥類科目，用于記錄各部門之間的資金調撥，其中包括向材料庫調撥、向備品庫調撥等。 實際應用中，根據企業的實際情況，可以根據營業范圍、生產工廠、經營地域、企業規模等條件來設置部門輔助核算，以更加精準地分析企業財務狀況。此外，還可以通過設置虛擬部門，以及設定回傭、國內外行政費用等特殊科目，進一步增強部門輔助核算的完整性和針對性。