根據相關法律法規，勞務公司在代發農民工工資時，必須要依法申報，繳納相關稅收，如就個人代開勞務發票而言，個人本身并不具備開具發票稅負，因此勞務公司仍需對農民工工資使用發票進行稅收繳納。另外，農民工本身也應當在發票抵稅時，依法申報稅款，參與社會保險，并應當將其所得合規處理。 另外，在勞務公司發放工資的過程中，應同時建立工資清單，明確農民工的姓名、身份證號碼、納稅人識別號、稅收居民起止日期等，并且將農民工所得收入以及扣繳的個人所得稅記錄在工資清單中，以便稅務管理部門查詢。 總之，勞務公司在發放農民工工資時，應當依法申報，繳納相關稅收。農民工本身也有義務繳納個人所得稅，并將其所得是放進合規渠道。勞務公司在此過程中，應當將農民工的身份信息及工資所得收入等信息記錄清楚，以便稅務部門進行審核。 拓展知識：根據相關征稅政策，勞務公司發放的工資，農民工仍需要繳納住房公積金、社會保險費等。同時，農民工也有權享受財政專項扶貧和低保等社會救助政策，實現農民工可持續發展。