是的，實際付款金額與發票金額不一致時，按實際付款金額入賬，發票金額多出來的部分可以依據相關規定進行處理。一般是按照無效發票處理，無效發票有兩種：收付雙方未簽字確認的發票，以及金額超額的發票，可以撤回重開，建議把超額的部分在重開的發票上扣除。此外，也可以向稅務機關申請核銷；如下賬做無效發票處理，可以在“應付賬款”科目下支付發票金額，在“應收賬款”科目下收取實際付款金額。 拓展知識：按照稅務機關的相關規定針對實際付款金額與發票金額的不一致行為，可能會受到行政處罰，所以要認真落實記賬憑證的記賬準確性，確保金額的一致性，避免受到行政處罰的風險。