在此情況下，您的公司是不能開發廠房租金發票的。根據《中華人民共和國發票管理條例》，只有實際發生的經濟交易或服務行為才可以開發票。廠房租金一般不屬于貨物或服務，因此不可開具發票。同樣，根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》規定，地產租賃服務不屬于應稅服務，因此也不可開具增值稅發票。 總之，廠房租金不屬于可以開發票的范圍，您的公司無法開具此發票。為了避免違反相關法律法規，最好的解決方法是雙方簽訂協議，確認雙方合同約定的租金收付情況，用以證明雙方權利和義務。