根據國家稅務總局的規定，藥劑師掛證費用是可以申報個稅的。根據稅收征管法第十條規定：在不違反本法及其他有關法律法規的前提下，納稅人可以從收入扣除職業資格認證費、買賣貨物或提供勞務所支付的傭金、商業保險費、有形動產租賃費以及本稅種規定的其他可以扣除的費用。故而，5000元的藥劑師掛證費用可以申報個稅。 此外，稅務機關還提供了一些政策，把職業資格認證及一些其他培訓費用作為個稅減免項目，以適應社會發展的需求。因此，稅收征管法中明確規定，低收入納稅人可以將職業認證費用等培訓費用納入支出，以減免個人所得稅。