抵扣發票按照實際發票數量進行計算，也就是說，超市銷售農產品進來的發票如果是3個點，則只能抵扣3個點，而不能抵扣9個點。抵扣發票的數量是受有關法律、法規及稅務部門的規定約束的，因此需要按照相應的發票數量進行抵扣，以確保抵扣的合理性和可持續性。 拓展知識：稅務部門對抵扣發票也有相應的規定，一般情況可以按收到的發票數量抵扣，但有一些特殊情況，比如禮券的使用就要經過稅務部門的審核和認可，才能夠實現抵扣。