自建員工食堂和自建庫房的增值稅抵扣情況有一定的區別。自建的固定資產的增值稅可以抵扣，但是自建庫房可以抵扣，而自建員工食堂不能抵扣。原因是，自建庫房屬于直接影響生產運行的建設性支出，且是關于國家法定規定納稅者允許計抵扣的稅收，因此可以抵扣。而自建員工食堂屬于消費性支出，不屬于國家法定規定的可抵扣稅收，所以不能抵扣。拓展知識：可抵扣的稅收除了增值稅還包括所得稅、消費稅和營業稅等稅種。