小規模納稅人開具的普票面額為5000元，如果貴公司需要退還給客戶，可以不計入收入是可以的。如果按照財務會計的思想，收入的金額必須要與發票的金額匹配，也就是說，發票金額大于實際收款金額，就會出現差額，因為發票面額為5000元，所以不能將金額進行分割和發票開出。同時，為了解決客戶的要求，也可以將5000元直接退還客戶，而不計入收入，此時發票金額和實際收款金額是一致的，也符合財務會計的思想。總之，小規模納稅人可以不計入收入將5000元直接退還給客戶，但在此之前，要先做好一些財務準備，比如做好稅收計算，并確定稅收退還的方式，以及退還對方客戶時發放的發票格式以及憑證等。