首先，對于跟總公司簽訂的合同，發票需要開給總公司，分公司付款是沒有問題的，只要分公司按照總公司要求的付款規則付款即可。但是，在做這樣的事情之前，有幾點需要注意和說明的：1、首先，應將總公司的付款清單提供給分公司，由分公司根據清單向總公司付款；2、在開票之前，應將貨款付款清單提前給分公司，并確認分公司已按清單付款；3、分公司付款必須準確無誤，應視貨款金額建立賬戶并由總公司進行賬務管理；4、應確保總公司的合同賬戶和開票清單及發票是一致的，并保證每一筆款項有記錄和發票。 作為對簽訂合同和開票的補充，可以考慮進行采購總部報銷，可以將分公司付款記錄報銷至總公司，保證付款準確性，加強財務管理。