投資款的入賬科目應當按照實際情況分析確定。如果公司A以現金方式向公司B投資，則投資款應當登記在公司A的現金科目下。如果公司A以負債形式向公司B投資，則投資款應當登記在公司A的應收債權科目下。如果公司A以股份方式向公司B投資，則投資款應當登記在公司A的長期股權投資科目下。 由于公司A對公司B投資占90％股權，屬于公司A向公司B以股份方式進行投資，因此，投資的款項應登記于公司A的長期股權投資科目下。 拓展知識：長期股權投資是指企業投資其他企業，通過投資其他企業來獲取長期回報，從而獲得資本增值和收益的資產。長期股權投資分為直接投資和間接投資，其中，直接投資是指企業投資他人，擁有企業所有權的一種方式，持有被投資企業股份超過規定年限，并通過控制權及其關聯交易形成特定關系。間接投資是指企業投資其他企業，但不擁有控股權或具有控股權的能力，通常是通過投資股票、債券等金融工具來實現的。