在有關有機肥生產企業的稅收方面，根據《中華人民共和國稅收法》的規定，小規模納稅人買進秸稈和糞肥發票，直接入賬可以免稅，不需要額外申報納稅。該企業資料申報，需要根據所開發票的類型認定，如果是增值稅發票或者消費發票，可以直接給予減免；如果是抵扣發票，需要對票面相關信息進行復核，憑借符合條件的發票才可享受減免優惠。 同時，有機肥生產企業還需要注意控制自身實際生產經營成本，避免資產流失。它可以深化勞動生產率和變革技術，以提高生產效率；可以通過與供應商的合作來節省成本；也可以構建合理的定價體系，有效地控制可能產生的運營成本浪費。通過上述措施可以增加企業的盈利水平，并有效地實現稅收優惠。