支付員工的勞動仲裁調解賠償款應計入主營業務成本科目。具體可以統一記錄在成本類科目下的“勞動仲裁調解賠償款”，或者記錄在其他類科目的“勞動仲裁調解賠償款”，也可以根據具體情況進行分類記賬。 拓展知識：勞動仲裁調解賠償款是勞動仲裁機構就勞動報酬爭議糾紛作出的調解，要求當事人支付的補償款。多數企業都會把勞動仲裁調解賠償款當做普通的企業成本費用來進行賬務處理，但也有一部分企業則把該項費用記錄在“與主營業務無關的費用”類科目下。