是的，自然人代開發票需要代扣個稅。根據國家規定，自然人開具發票，必須代扣個稅，個人所得稅將作為發票開具人的稅收籌劃手段，將納入政府稅收中。根據《中華人民共和國稅收征收管理法》、《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》的規定，自然人開具的發票，應當按照國家規定的稅率代扣個人所得稅，并交納至國家稅務統一管理的稅收征收專戶。此外，自然人發票金額還應當納入消費者保障法，即不得超過本市規定的最高價格。拓展知識：個人所得稅是財政部根據《中華人民共和國個人所得稅法》及其實施條例、財政部關于實行收入分類征稅制度通則等稅法規定，對境內有固定住所或者居住地，在國內從事生產經營活動，或者從事其他任何活動取得的收入，依法繳納的一種稅。