根據中國公司法規定，在注銷公司時，100萬元注冊資金與實際繳納的100萬元可以拿出來。首先，需要開展股東大會或者董事會決議，提出公司注銷的決議；然后，出具《公司注銷決定書》，經營者出具《清算結束證明》；最后，到工商登記部門辦理注銷登記。實際繳納的100萬元可以根據清算結束證明劃撥到股東指定的賬戶中。 此外，公司注銷后，還需要公司進行稅務注銷，并將公司財產處理完畢，才能真正取回公司注冊資金，并且注銷公司后還要保存公司的賬簿、憑證及其他完整的財務報表，以便稅務機關查驗。