一般來說，納稅人收到小規模公司開具的免稅農產品發票可以用于抵扣稅款。根據《中華人民共和國企業所得稅法》規定，發票內容應真實、準確，開具發票時應符合稅收管理規定，收到發票及其它稅收憑證的納稅人可以根據稅收管理的規定以發票的價款減免企業所得稅。 此外，根據《中華人民共和國稅收征收管理法》規定，小規模公司發出的發票，當月不超過2萬元的，可以免征專用發票；當月金額超過2萬元的，可以申報當月發出的發票金額，由稅務機關受理審核，發放普通發票。發普通發票完成登記后，納稅人可以通過把發票上的貨款抵扣稅款。 因此，納稅人收到小規模公司開具的免稅農產品發票可以用于抵扣稅款，但是需要按照規定登記審核，才能夠有效抵扣稅款。拓展知識：納稅義務人準備好稅務憑證后，應當主動、及時到稅務機關繳納稅款，一旦拖延繳納，將按照《中華人民共和國稅收征收管理法》的規定收取滯納金。