企業申請科技型中小企業，填寫納稅總額時，車購稅是不包括在內的。車購稅屬于準營收稅，屬于個人所得稅，由個人自行繳納。企業納稅總額，是指企業取得的營業收入、非營業收入、減少的營業成本、利潤和減少的非營業成本，以及其他應稅所得，按照稅法規定繳納稅款，合計所得的納稅金額。企業納稅總額，中包括企業所得稅、增值稅、消費稅、資源稅、城市維護建設稅等，車購稅不在其中。 此外，值得一提的是，企業申請科技型中小企業，可以繼續享受稅收優惠政策，包括免征、減征或者降低稅收比例等政策。同時，有些企業申請科技型中小企業，還可能獲得部分稅收返還，當然這需要遵循相關稅收法規。