這種情況下，很可能由于物流公司在發票上開出了過高的底稅，而使得進項只有40多萬。這也有可能是由于物流公司忽略了底稅和進項之間的正常比例，以及在稅務管理上缺乏監督，造成了一個不利的局面。 為了解決上述的問題，有幾點可以做：第一，物流公司應該完善內部的發票登記制度，對底稅和進項有嚴格的控制，限制發票的增減；第二，要加強稅務的監管，實施發票核查系統，保證發票的真實有效；第三，有效的納稅服務制度，提供具體的指導意見，方便企業完善發票登記制度。 拓展知識： 發票登記是納稅人確認應稅事項，加強發票登記也是稅收征管的重要工作之一。發票登記有助于準確報送企業收入、增值稅銷項稅額等數據，可以有效控制發票作假，減少稅收逃廢。因此，各企業要加強發票登記制度，確保發票的真實有效，以避免發生稅收糾紛。