要在公司兩個廠和老板個人的賬目中進行分開做賬，首先，我們要明確各廠和老板個人之間的收支情況。其次，兩個廠之間的往來賬目要進行實時結算，確保公司利潤的準確性。最后，要按照規定的標準制定財務報表，以確保財務狀況的正確報告。 拓展知識：此外，為了有效的實施分開做賬，我們還需要建立完善的財務管理制度，如統一財務經營流程，設置嚴格的管理機制，建立完善的內部控制體系，控制資金流向，確保兩個廠及老板個人的財務狀況都能得到準確的記錄。