首先，確認農民專業合作社是否在交易收到少款的情況下，發票的開票金額是否是正確的？如果是正確的，則根據發票的開票金額來做賬，如果收到的款項比發票的開票金額少，則需要采取補足的措施。 首先，做出甲方應收賬款明細賬，具體記錄購銷明細，開票日期，開票金額，結算金額，實收金額以及欠款金額。接著，再制作乙方應付賬款明細賬，具體記錄購銷明細，開票日期，開票金額，結算金額，實付金額以及欠貨的金額。最后，將甲方收款金額和乙方付款金額放在合計欄里，及時核對，確認實際收款金額和實付款金額是否符合發票開票金額。 此外，農民專業合作社在做賬的過程中，還需要根據發票開票金額來按月登記憑證，登記過程中，收入科目應記賬為“收賬款”，支出科目應記賬“付賬款”，一定要記錄好發票開票金額，并將發票保存起來作為憑證。 拓展知識：這里的發票，是銷售發票，也可以稱之為普通發票。普通發票是經過購銷雙方認可的財務憑證，可以作為稅收憑據，其根據稅收法規決定作用。普通發票可以用于結算貨物貿易、服務貿易、貨物加工、委托加工，按支付的稅率和金額分出稅金，以及核實企業所得稅的收入和減免的的費用，多作為稅收憑證。