一般情況下，設計費、工程款等費用發票都是乙方單位先開發票給甲方，然后由甲方支付款項，當然具體細節可能會因合同約定有所變動。這種情況是由發票制度所規定，發票是作為付款憑據，發票里必須有有效的價格信息，方可由甲方按照合同約定支付款項。同時發票中必須標明付款人、收款人的名稱和賬號，以及約定的付款期限等信息，才能被銀行承認和接受。 另外，發票制度也規定，發票必須遵守普通發票制度，具有法定的效力和法律糾紛解決的能力。發票樣式及其內容必須符合國家規定，方可用于稅務機關執行稅務管理。因此，乙方單位先開發票給甲方，由甲方支付款項是一個比較常見的付款流程和制度，也是為了保證雙方的合法權益，以及稅務管理機關的監管。