夫妻股權轉讓時，由于涉及雙方利益，因此會有印花稅交納。對于公司名義交納的印花稅，目前工商部門要求應當通過個人名義交納，因此按照《印花稅暫行條例》的有關規定，公司名義交納的印花稅可以向工商部門申請退款。但是，在申請退款前，必須先申報印花稅，由當地稅收機關確認確實收取印花稅，經稅務有關部門審核，再辦理退款手續。同時，退稅期限也是一個重要的考量因素，通常一般情況下，退稅期限為一年，超過一年時間則不允許申請退稅。所以，在申請退款前，需要先行核實印花稅實際交納，特別是考慮到公司名義支付的印花稅，在申請退款時，必須保留完整的繳費憑證，并及時向工商部門發出申請退款的請求，以便成功地申請退款。