股權變更后，公司認繳和實繳股份的關系以及股東協議將會發生改變。根據《中華人民共和國公司法》，當股權發生變更時，股東應辦理變更登記，對發生變更的認繳股份，應再次辦理認繳登記。而對于實繳股份，需要再次辦理實繳登記。另外，如果A公司發生股權變更且吸收B公司，則需要B公司所有股東協議及出質股權。 拓展知識： 股權變更后，公司法律意義的股東協議也會發生變化，相關條款將需要重新協商，而且因為股權結構、股東關系發生改變，新舊股東之間可能會引發糾紛。因此，當發生股權變更時，企業需要重新商議股東協議，以便依法保護好新舊股東的權益和利益。