員工填寫個稅專項扣除住房信息的申報方式是選擇通過扣繳義務人申報，具體來說就是讓勞動者本人來繳納個稅，并且在申報的時候根據當前的應稅收入，減除相關的專項支出，減少自身的應納稅額。企業只需要把勞動者的工資發放出去，然后勞動者本人自繳個稅和完成稅收申報即可。相較于之前每個月由企業完成個稅申報，改為員工本人完成個稅申報，不僅可以減輕企業申報壓力，還可以使得員工更加關注自身的稅收運行情況，更好的管控稅收費用。此外，隨著個稅法的健全完善，一些新的稅收減免政策也在不斷出臺，本人申報個稅也可以更加充分、準確地享受政策福利。