公司付房租沒有發票入賬的正確操作流程是：1.在公司明細賬簿上記錄支出情況，除了記錄房租金額之外，還要記錄相應的支出科目；2.在公司總賬憑證中記錄，應當按照日記賬的處理流程，以科目代碼記賬，這樣可以做到記錄的準確性和完整性；3.將本次支出匯總到現金支出總計，以便做財務報表分析；4.月末結賬時，將本次支出的房租金額匯總記錄到公司的房租費用科目中；5.每次付款時，制作一張付款憑證，將付款金額、付款時間、付款科目、付款方式等明細填寫好，作為公司付款憑據，以便有關財務稽查。 拓展知識：付款憑據是企業經營會計活動中經常使用的支付書證，它是一種可以支持對支出進行證明、證實和查賬的憑據。付款憑證主要包括付款科目、付款金額、付款日期、付款方式、收款人姓名、收款人賬號等。付款憑據是企業經營會計活動中必不可少的管理工具，憑證的記錄和使用是企業經營會計活動不可或缺的一部分。