是的，在申報附加稅的時候，留抵退稅退的增值稅可以在計稅依據幾中扣除。這是因為，根據《中華人民共和國企業所得稅法》和《中華人民共和國企業所得稅暫行條例》的規定，企業留存的增值稅可以按照銷售額的比例扣除。具體來說，企業在上一個月內產生的增值稅，其中經過抵扣退稅的，可以在下一個月申報附加稅的時候在計稅依據幾中扣除，以減免納稅義務。 拓展知識：企業留存的增值稅可以按照月度稅率減免銷售額，減免以后的銷售額即為減除后的稅率，由此可以得出納稅基數，然后再按照企業所得稅的稅率進行納稅。