如果增值稅發票聯和抵扣聯丟失，可以采取記賬聯復印件入賬和認證抵扣的方式。首先，必須按照稅務機關規定登記增值稅發票抵扣聯，其次，應于發票開具日起三個月內，將復印件上傳稅務機關，稅務機關審核確認無誤后，即可以記賬聯復印件入賬，并依照稅務規定認證抵扣申報，以確保企業有效抵扣稅款。 此外，對于丟失的發票，稅務機關還需要企業提供憑證和證明材料，并在有效證明基礎上進行審核。另外，建議企業在后續開具和使用增值稅發票時，應妥善保存發票和抵扣聯，防止發票丟失而影響企業稅收減免。