根據相關稅收法律和規定，盈利性質的醫療診所公司，無論小規模納稅人還是一般納稅人，都必須繳納增值稅。 小規模納稅人繳納增值稅可以按照下列幾個點進行：①根據銷售的貨物和勞務的不同，按照國家公布的費率，確定增值稅的繳納率；②計算應納增值稅；③繳納增值稅，根據實際情況可以現繳或者定額繳款。 一般納稅人繳納增值稅也有幾個點，分別是：①根據銷售的貨物和勞務的不同，確定應納增值稅的稅率；②計算應納增值稅；③繳納增值稅，根據實際情況可以現繳或者定額繳款；④于每月月末完成月度結算。 如果對分公司的銷售收入都入到分公司，但是所需的供應商開的成本票單是開給了總公司，且總公司和分公司之間的庫存商品轉移也必須開具發票。這種情況下，分公司應該將收到的總公司出具成本票單和庫存貨物轉移發票等記載在本月份的增值稅發票購買明細清單中，并對相應發票進行有效核銷，抵扣當月納稅額。 總之，一般納稅人和小規模納稅人均必須繳納增值稅。如果總公司和分公司之間的庫存商品轉移，其他涉及到的發票也必須開具，并納入本月份的增值稅發票購買明細清單，進行有效核銷，抵扣當月納稅額。 為進一步提高企業稅收管理的準確度、便利性和安全性，該企業可以考慮選擇一些企業稅收管理軟件，例如稅務系統、財務管理系統等，幫助企業高效進行稅收管理，減輕企業的負擔。