公司現在申請保密資格，保密費是可以單獨立設科目做賬的，而且在這部分費用做賬也有一定的規定。首先，你需要在財務報表上單獨作記賬，即將保密費作為一個費用賬戶，有獨立的賬戶號，明確標明該費用歸屬于保密費用，同時保證資金之間的來往記錄準確、完整及有效。其次，你需要對費用的數額和發生時間進行準確的記錄，以便核對保密費用的科學性和合理性，同時有助于發現保密費用被處理不當的情況。最后，相關的經營及財務比率指標仍需要正常的統計計算，即將保密費的費用統計在內，以確定其在經營及財務比率指標依據上的重要作用?？傊?，保密費的記賬和管理就是要符合準確、完整、有效及合理的原則，以確保公司保密費用的科學性和合理性。