當發現普通發票的第二聯不在時，首先應盡快報告給稅務機關，由主管稅務機關進行處理。對于已開具實際使用的作廢發票，應當申請普通發票補開，補開時應準確填寫所有用途資料，完成相關數據登記手續，并打印出來。在補開普通發票的過程中，應由稅務機關提供認證，保證發票的正確性和完整性。 另外，為了防止發票的第二聯不在的情況發生，對于發票的使用應加強管理，嚴格按照稅收法規和規定辦理，及時完成稅收登記，在發票使用過程中要做好記錄，以便能夠及時發現問題，確保發票安全性。 拓展知識：稅收登記是稅務機關負責處理企業在稅收管理中的重要事項，是企業在稅種認定、稅率認定、稅種核銷等方面的基礎工作。稅收登記的目的是為了確保稅收征收的準確性。