可以計算抵扣。根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第六十條的規定，購買某個企業經營的農產品的，可以使用普通免稅發票計算抵扣，但需要經過增值稅有關部門的審核，經過審核后才可以進行抵扣。拓展知識:抵扣前提，必須保證購買所得發票合法，這就要求企業應當留存按照規定填寫的增值稅普通發票，以便以后有關部門進行審核核實。