總分機構和非總分機構的區別主要是出稅的范圍不同。非總分機構是指僅涉及于持有納稅人在其所在地注冊的營業稅，而總分機構就比較寬泛，涉及到多個省，可以根據跨省經營情況來報稅。 總分機構有一定的優勢，比如減少報稅義務人數，避免多處報稅，還可以節省稅務填報時間，還可以有效維護企業的財務安全，以及跨省貿易的稅收管理。 但是，注冊總分機構需要納稅人滿足一定的條件，比如常設機構必須有特定的位置，同時應遵守稅務機關的要求，申請總分機構也需要繳納一定的費用。 在選擇總分機構還是非總分機構時，納稅人可以根據自己的實際情況來選擇，靈活多變。例如，如果納稅人經營范圍較為狹窄，就選擇非總分機構；而如果經營范圍較大，建議選擇總分機構。 拓展知識：除了支付稅款這一報稅原則外，跨省經營的機構還有跨省稅收優惠政策可以享受，比如住房空置稅等，納稅人可以根據自身實際情況，向當地稅務機關咨詢適合自己的優惠政策并作出決定。