小規模藥店在開具發票和繳納稅款方面還是應當按照3%進行繳納的，但是要注意的是有的藥品按照不同的稅率征收，比如抗生素和西藥類產品，其稅率并不在3%范圍內，這時候我們就需要根據實際情況來調整稅率。另外，小規模藥店納稅也要根據其月度實際銷售額來決定，比如，小規模藥店在某月銷售額不超過50萬，則需要按照3%納稅；如果超過50萬，則相應的納稅率也會有所調整，要更高一些。 拓展知識：近年來，稅務總局采取新的促稅政策，為小規模納稅者減輕稅收負擔，并擴大稅收優惠政策的范圍。小規模納稅人在發生某些特定類型的業務時，可享受減按一定比例的稅率和免征限定的稅收政策，減輕稅負。因此，小規模藥店在繳納稅款方面，一定要根據自己的實際情況，熟悉有關政策法規，科學合理申報稅款，減輕自身稅收負擔。