企業所得稅申報時，若總公司與分公司被合并，且虧損，則應當填寫0元。因為，無論是合并前還是合并后，分公司原有的企業所得稅納稅責任不變，而合并后，虧損影響著其企業所得稅應繳納的金額，因而申報總額應填寫0元。 拓展知識：關于企業所得稅的申報，在合并企業的情況下，還應注意以下幾個方面： 1、被合并企業進行企業所得稅申報時，應填寫被合并后的數據，而非被合并前的數據； 2、被合并企業應當攜帶完整的財務會計憑證，及業務活動記錄，以驗證填報的企業所得稅數據； 3、被合并企業應遵守企業所得稅相關稅法，并在時限內繳納稅款。