企業申請開具運費發票的情況，應當依據《企業所得稅稅收征收管理辦法》有關規定，采用進項稅額減除法入賬。相關稅費的具體入賬步驟如下： 1、企業憑其所得稅稅收憑證，在購買物品、接受勞務等經濟活動中，將稅額中扣除收入賬簿證明項目錄入總賬； 2、企業需要在運費發票上填寫真實的稅額及付款金額，經核對準確后，按照相關的稅率進行計算，將稅金全部繳納完畢； 3、將稅額從購買物品、接受勞務等經濟活動中的應交稅款中扣除，以減少企業的期末納稅義務； 4、在總賬中證明稅金支出，在應稅款中扣除，完成企業代開運費發票的入賬完畢。 此外，在企業代開發票過程中，還應當特別注意發票的正確張貼，以免出現不當稅款，影響企業的正常納稅。 拓展知識：代開發票是指非稅務機關指定的稅務機關發票的發票業務。代開發票的主要稅種有增值稅發票、消費稅發票、營業稅發票等，企業在申報納稅時只要持有代開發票憑證就可以在網上完成稅務申報。