根據《中華人民共和國發票管理條例》規定，企業發出的5萬元工程款發票，應交納增值稅，增值稅以計算應納稅額扣除4%進口增值稅，納稅人可以適用免稅政策。 計算方法如下： 1、根據發票金額，算出稅額：5萬元X17% = 850元 2、減去進口增值稅：850元X4% = 34元 3、最終應納稅額：850元-34元 = 816元 拓展知識： 增值稅計算方法：稅負率×（發票金額-進口增值稅）=應納稅額，一般增值稅稅率為17%，進口增值稅的計算方法為：發票金額×進口增值稅稅率=進口增值稅。