是的，如果農民代開發票給公司，賠償款可以免稅。但是，在給農民開具發票之前，需要先確認該賠償款已經成為農民的收入，即該農民已經完全擁有賠償款的所有權利。這是因為，根據《中華人民共和國稅收征收管理法》，收入只有當取得者實際擁有此收入時，該收入才可被認定為取得者應稅收入，也就是所謂的稅務合規性。另外，如果農民可以提供足夠的證據，證明賠償款已經入賬，公司也可以向中國稅務機關申請不征收個人所得稅。 拓展知識：根據稅收法規，取得者從第三方獲得的收入應按照征稅比例繳納個人所得稅，其中包括從企業收到的補償、賠償金。但是，有些特殊情況下，收入不需要繳納個人所得稅，比如從政府辦事機構獲得的補償金、賠償金等。