這樣的做法是可以的，也可以解決你們雙方的糾紛問題。雙方可以簽訂發支付協議，根據協議條款，雙方約定的科目、金額、付款日期，收款人等信息，可以解決合同轉賬金額與發票金額發生偏差的問題。在協議中，可以根據雙方的具體情況，互相約定可行的解決方案，如雙方同意，可以把材料科金額拆分到支付發票中，再簽訂補充協議，以解決當前糾紛問題。簽訂發支付協議是雙方之間的民事合同，在法律上，有法律效力，雙方有義務執行，可以在雙方達到相應的約定，將有利于當事人互相實現和諧共生的狀態。