這個問題取決于總公司和分公司之間的約定和財務系統。如果總公司和分公司之間約定付款必須記入總公司費用，則應該按照這一約定把這筆款項記入總公司費用。如果總公司和分公司之間未約定，則應該看款項的性質，如果是日常經營費用，則款項應該記入總公司費用，如果是利潤分配，則款項應該記入分公司往來。 此外，分公司有自己的賬務報稅，即分公司財務人員可單獨維護分公司的賬目，不受總公司賬目的影響，在上級稅務機關審核時，分公司可以提供清楚的賬目記錄來核實本公司的稅務狀況，從而使稅務審核更加有效率。 拓展知識：在財務報表中，一般分公司的報表稱為“母公司報表”，母公司報表是母公司統合和整理所屬分公司報表而形成的報表，可以從母公司報表中發現和比較分公司經營狀況，有利于調整總公司的經營策略和管理措施。