員工入股公司分紅的折舊計算方法一般按照平均賬齡法（Average Life Method）來進行計算，這個計算方法的優點在于簡單，能夠準確把握公司有效投資的折舊狀況，必要時可以事先進行攤銷。在撤資時，利益比例應當公平合理，在無具體約定的情況下，應當根據分紅比例及折舊等因素來調整，以保證公司及員工的利益有效平衡。另外，如果需要重新劃分利益比例，可以簽訂入股股份分紅撤資協議，協議中要詳細規定分紅比例、折舊計算方法、退款金額及時間等事項，要確保雙方權益得到有效公平的維護，以確保約定的分紅撤資協議的有效實施。